سنويا، تقوم الهيئة ببلورة برنامجها السنوي، انطلاقا من التقدم المحصل في تطبيق برنامجها العام، وبحسب تقييم أولويات المشاريع وآثارها المتوقعة وترابطها فيما بينها، وكذا بحسب التوفر على الموارد الضرورية لتنفيذها.
ويوضح المبيان أسفله المحددات العملية المعتمدة خلال عملية البرمجة السنوية للمشاريع:

وتسفر هذه العملية عن بلورة محفظة مشاريع الهيئة، موزعة بين المحاور الثمانية التالية:
وتسفر هذه العملية عن بلورة محفظة مشاريع الهيئة، موزعة بين المحاور الثمانية التالية: