Annuellement, l’Instance procède à une planification à travers une sélection en trois temps : 1/ en fonction de l’avancement dans l’exécution du plan d’action global et 2/ sur la base d’une appréciation de la priorité, de l’impact escompté, de la dépendance entre projets, et 3/ selon la disponibilité des ressources (existantes ou planifiées).

Ainsi, le portefeuille annuel est obtenu selon la démarche illustrée ci-dessous :

Ainsi, l'Instance définit annuellement un portefeuille composé de plusieurs projets, répartis selon les huit axes stratégiques et transverses ci-dessous :

La construction du plan d’actions global, ensuite le portefeuille annuel, à partir i) des axes stratégiques, en passant par ii) les objectifs opérationnels jusqu’à iii) la définition des projets, a été menée de manière participative par toutes les équipes de l'Instance, afin de favoriser l'appropriation et l'engagement, tout en veillant à poursuivre les réalisations et les productions et réussir la montée en charge que connaît l’Instance. 

Cette démarche, permettant de garantir l'alignement stratégique des projets par rapport à la stratégie de l'Instance, peut être illustrée comme suit :