بالإضافة إلى الصلاحيات المخولة له بموجب القانون 46.19 ، يمارس مجلس الهيئة الاختصاصات التالية :
دراسة مشروع برنامج عمل الهيئة السنوي الذي يقترحه رئيسها، والمصادقة عليه
المصادقة على مشروع ميزانية الهيئة
المصادقة على مشروع النظام الداخلي للهيئة
إقرار النظام الأساسي الخاص بالموارد البشرية العاملة بالهيئة
المصادقة على النظام الخاص بالصفقات
المصادقة على مشاريع التعاون مع الهيئات العمومية والمنظمات غير الحكومية والجامعات ومراكز الأبحاث الوطنية والدولية ذات الأهداف المماثلة في مجال الوقاية من الفساد ومكافحته